S级忍者作为游戏内的顶级战力代表，其特殊技能往往具备独特的机制与高爆发特性。这些技能不仅还原了原著设定，还在战斗系统中形成了差异化的战术价值。以宇智波斑为例，其完全体须佐能乎作为核心技能，具备全屏攻击范围与霸体效果，在释放期间可无视大部分控制技能，同时造成多段巨额伤害。该技能在决斗场中既能用于起手压制，也可作为终结连招的关键手段，但需注意较长的后摇时间可能被对手反制。
秽土转生长门的特殊技能体系则围绕轮回眼能力展开，地爆天星作为奥义技能可吸附范围内所有目标并造成持续伤害，而阎王判决则具有罕见的抓取判定，能强制中断敌方替身术外的任何动作。这类技能的设计特点在于通过复合效果形成战术压制，例如神罗天征既能击退近身敌人又可反弹飞行道具，形成攻防一体的战斗节奏。部分S忍如波风水门，其飞雷神术式通过空间标记实现瞬移，技能衔接后可触发额外追击效果，这种机制对操作精度要求较高但收益显著。
磁遁血继限界持有者特洛伊展现了另一种特殊技能形态，其磁化标记机制能令普攻与手里剑攻击附带追踪特性。当敌人被磁化后，后续所有磁性攻击将无视走位自动命中，这种持续性的状态压制在消耗战中极具优势。类似具有领域效果的还有千手柱间的树界降临，技能释放后持续改变战场地形，限制敌方移动范围的同时为后续连招创造环境。这类技能往往需要预判敌方走位，但成功触发后能大幅降低后续进攻难度。
部分S忍的特殊技能具备形态转换特性，例如面具男的写轮眼与轮回眼双形态，不同状态下技能效果与攻击范围会产生本质变化。这种设计使得单个忍者能适应更多战斗场景，但也要求玩家熟练掌握形态切换时机。多数S忍奥义技能存在共通特性：释放期间附带无敌帧，但若被敌方预判则可能面临反打风险，因此需结合秘卷或通灵兽形成保护措施。
从战术层面分析，S忍特殊技能的价值主要体现在三个方面：首先是机制独特性，如宇智波鼬的天照具备穿透攻击效果；其次是战斗节奏控制，类似雷影的雷遁铠甲可强行突破敌方防御；最后是连招兼容性，例如小南的式纸之舞能无缝衔接普攻与其他技能。这些特性共同构成了S忍在决斗场中的核心优势，但需注意技能释放时机与查克拉消耗的平衡。
