在疯狂动物园中捕捉动物的核心方法是完成每种动物对应的驯服条件，当玩家在跑酷过程中满足特定要求后，该动物便会出现在场景中，此时需要操控角色跳到该动物背上并持续点击屏幕填充爱心进度条直至完成驯服。基础操作是通过长按屏幕蓄力，当目标动物变为黄色时松开手指跳跃实现精准骑乘，动物头顶会出现爱心条，持续点击屏幕直至爱心填满即表示抓捕成功。
许多常见动物和隐藏动物的出现依赖于达成一系列前置任务，这些任务包括骑乘同一只动物奔跑指定距离、连续换乘多种不同动物或用特定动物完成进食或撞击动作。例如暗黑野牛需要骑同一只野牛跑700米，特洛伊斑马要求连续换乘7种不同草原动物，而油炸狮则需要用同一只狮子连续吃掉30个动物，部分任务允许中途复活。
游戏内不同地图区域分布着独特的隐藏动物，它们的触发机制更为复杂。草原地图的机械秃鹰需要在奔跑至1400米后，借助长颈鹿或大象狂暴后将角色甩至中间大石头上方才能遇到。丛林地图的鸭嘴河马要求骑同一只河马奔跑1600米，且在后半段水域较多区域出现概率更高，而三嘴鸟则需操纵巨嘴鸟在暴走上升到最高点时起跳，实现100米的安全换乘。山脉地图的苏-24战斗熊需要骑同一只老鹰飞行2000米，蒸汽朋克则需骑同一只耗牛撞击10只动物。
捕捉过程需要玩家掌握环境互动与时机把握，部分稀有动物仅在特定地形或条件下刷新。罗宾汉鹰需要沿着跑道边缘的灌木丛方向飞出，抵达最远的山峰。雄鸡鳄这类动物在每日早上特定时间段内出现概率较大。在捕捉高速移动或行为特殊的动物时，预判其行进路线并在障碍物较少的地段实施操作成功率更高，对于需要连续换乘的挑战，合理安排骑乘顺序并掌握流畅的切换节奏至关重要。
提升动物园的栖息地等级可以增加对应区域动物的刷新概率，而完成游戏中的BOSS任务则有机会随机获得如骷髅象、鸵鸟老板、花样虎等特殊动物。游戏中的恐龙等稀有物种存在于独立的侏罗纪动物园模式，需要将飞船升级至相应等级并进入该模式完成特定任务组来解锁抓捕机会，例如收集场景中的恐龙蛋。合理利用金币升级设施和道具，能为持续捕捉和收集动物提供有力支持。
