除了明面上的道馆挑战与主线剧情，游戏世界各处还精心设置了大量等待发掘的隐藏宝藏。这些宝藏不仅仅是指通常意义上装在宝箱里的道具，它们的形式多样，遍布于关都地区乃至更遥远的南方岛屿。这其中既有通过特定技能或剧情解锁才能进入的秘密区域与隐藏关卡，也包含了大量无法直接看见、必须借助探宝机等道具探测才能发现的隐藏物品，还有藏匿在迷宫深处或完成特殊解谜后才能获取的关键剧情道具与稀有装备。探索这些内容不仅是对玩家观察力和解谜能力的考验，更能让你获得超越常规流程的强力物品与独家体验，极大丰富你的收藏与战力。
主线流程的推进过程中就穿插着许多珍贵物品。一些重要的进化石、技能机器并非全部陈列在商店中，它们可能被放置在岔路的尽头、洞穴的隐蔽角落或是需要与特定NPC互动后才会出现。用于特定宝可梦进化的关键道具王者证与西库头巾就隐藏在南方岛屿的迷宫深处。而像竞争背心这样的特殊训练装备，则需要你用探宝机在第八个道馆的馆主身后区域仔细探测才能发现。这些物品往往能改变你对战策略或加速宝可梦的培养过程，是追求完美通关不可或缺的助力。
游戏中最具代表性的隐藏迷宫当属红莲岛上的宝可梦大宅。这座看起来略显破败的建筑内部充满了巧妙的机关与视觉盲区。探索这里的关键在于启动散布在各处的石像以改变通路。进入后直接上到二楼启动第一座石像是关键的第一步，而从三楼特定缺口跳下后，你会发现一条通往围墙之外的隐藏通道。通过精确的顺序触发多个石像后，最终你才能在深处房间的桌上取得至关重要的秘密钥匙，用来开启下一阶段挑战的大门。整个解谜过程环环相扣，充分考验玩家的逻辑思维与探索精神。
当你集齐八枚徽章并战胜联盟冠军，完成一周目冒险后，真正的宝藏狩猎才在南方岛屿群拉开序幕。乘船抵达这些新区域，你会发现全新的剧情与更复杂的谜题。首要任务往往是在诸如火山的山洞内寻找剧情关键的红宝石，或在迷宫尽头发现被火箭队觊觎的蓝宝石。这些宝石的获取过程通常伴与强大训练家的战斗和对新地形的探索。岛上的训练师之塔、饲养屋以及散布在各岛屿海滩、森林、洞窟中的无数隐藏道具，都构成了二周目庞大的探索内容，将游戏的冒险边界拓展到了全新的维度。
