技能分布是玩家培养队伍和制定战术的核心要素之一。游戏中的技能分为普通技能、特殊技能和招式，每种技能都有其独特的属性和效果。普通技能如撞击、抓等基础攻击，特殊技能如火焰喷射、冷冻光束等高威力招式，以及状态招式如麻痹粉、催眠术等控制类技能。技能的学习途径包括升级自然领悟、技能机器（TM）和隐藏机器（HM），以及特定NPC的教学。HM01居合斩可通过圣安奴号船长获得，而TM38大字火则需在彩虹市百货公司购买。技能的选择需结合口袋妖怪的属性和战斗定位，合理搭配才能发挥最大战力。
技能机器的分布是玩家探索的重要内容。游戏中共有50种技能机器，散落在关都地区的各个角落。月见山深处可获取TM23钢之尾，而火箭队基地事件后能获得TM26地震。部分技能如TM29精神干扰需通过击败特定训练师或在赌场兑换。技能机器的使用次数有限，需谨慎分配。隐藏机器则多为推进剧情的必备技能，如HM05闪光用于照亮岩山隧道，HM02飞天可大幅提升地图移动效率。这些技能的获取往往伴随主线任务，如帮助正辉恢复人形后获得船票，进而解锁HM01居合斩。
野生口袋妖怪的技能池同样值得关注。常磐森林的皮卡丘可自学电击，而月见山的皮皮拥有模仿等独特技能。不同栖息地的野生妖怪携带技能存在明显差异，例如水系妖怪多掌握水枪、泡沫光线等技能，而岩石系妖怪则擅长落石、岩石封锁。玩家可通过反复遭遇野生妖怪来观察技能组合，为队伍补充特定战术需求。部分稀有妖怪如卡比兽、迷你龙等，其技能组合往往更为强力，需投入更多时间捕捉和研究。
技能属性克制关系是战斗系统的精髓。火系技能对草系、虫系效果显著，水系克制岩石、地面系，而电系对飞行系和水系有额外伤害。游戏中的17种属性形成复杂的相互制约网络，例如超能系被虫系、幽灵系克制，而龙系仅对同类有效。玩家需熟记属性相克表，在道馆战和冠军之路等关键场景中灵活调整技能搭配。某些技能具有双重属性，如飞叶快刀既是草系也带有物理攻击特性，这种复合效果可突破传统克制关系。
后期技能优化是冲击联盟冠军的关键。四大天王战前，建议将主力妖怪技能槽替换为高威力招式，如破坏光线、暴风雪等终极技能。游戏终盘可通过回忆机制让妖怪重新学习过往技能，如喷火龙可找回火焰旋涡、空气切割等过渡期遗忘的招式。七岛事件后，玩家还能获得特殊技能教学机会，如龙之爪、神速等珍贵技能。部分技能如自爆、殊死同归虽威力惊人，但需承担极高风险，需根据战况谨慎使用。
技能系统的深度研究能显著提升游戏体验。从初期的基础招式到后期的终极技能，每个阶段都有相应的战术选择。玩家应定期检查队伍技能组合，及时淘汰低效招式，保持技能池的竞争力。通过合理利用技能机器、隐藏机器和野生妖怪技能，可以打造出适应各种战况的完美队伍，最终成为关都地区的口袋妖怪大师。
