秘卷的伤害输出是玩家选择的重要依据之一。根据实测数据与风遁·压害是目前单次伤害最高的秘卷之一，其1级时即可造成660%的伤害，且附带吸附效果，适合用于聚怪后衔接连招。紧随其后的是火遁·鼠毛玉，可释放8枚追踪弹，总伤害达501%，但需注意其伤害为多段分散计算。幻术·此处非之术虽伤害仅为334%，但独特的控制颠倒效果使其在实战中具备战略价值。
从技能机制分析，高伤害秘卷通常分为爆发型与持续型两类。风遁·压害属于典型的爆发型，适合快速清场或决斗场先手；而水遁·水龙卷则属于持续型，通过长时间伤害累积实现高输出，但命中率依赖走位与预判。秘卷的实际伤害还受等级加成影响，例如风遁·压害满级后伤害增幅显著，但冷却时间较长（30秒），需合理规划使用时机。
决斗场中，阴愈伤灭（霸体秘卷）虽非直接伤害型，但其提供的霸体状态可确保输出环境，间接提升伤害效率。相比之下，风遁·气旋虽经削弱，吸附范围缩小，但控场能力仍使其成为高段位常用选择。玩家需根据忍者特性搭配秘卷，例如宇智波斑适配风遁·气旋，而千手扉间等灵活忍者更适合解术散以反制对手。
获取高伤害秘卷的主要途径包括小队突袭、决斗场段位奖励及限时活动。小队突袭可通过三倍奖励加速碎片收集，而超影服务支持一键扫荡。商店中的疾风传秘卷礼包（980金币）性价比优于直接购买，但每周限购三次。部分活动如秘境组队通关12次可获45个碎片，需优先参与。
玩家可通过提升秘卷等级、优化连招衔接进一步放大输出优势，同时关注版本调整对秘卷强度的影响。
